取次を通さず、直接書店と取引したいのですが問題ないですか？

問題ありません。基本的にどのような原稿をお送りいただいても大丈夫です。ただし、「買い切り」のようであれば「委託販売」と比較すると効果は落ちます。

というのは、昨今、直取引や買い切りということをよく聞くようになりましたが、まだまだ少ないのが現状です。ですので、原稿の一部に「直接取引」だというこを明記されることをオススメいたします。つまり、掛率などの条件提示もあったほうが良いです。

なぜなら、買い切りのようなリスクが伴うのであれば、その分のリターンを提示していなくては本を置きたいと思わないからです。

ちなみに、通常の注文欄には「注文扱い」というのを記載して原稿を作られます。